税務調査と労働基準監督署の調査（以下　監督署調査）は、全く異なる。

弊社ザイムパートナーズでは、税理士部門と社会保険労務士部門が連携しているため、この２つの調査の違いについて、社内で話すことがあります。今回は、その違いをまとめておこうと思います。監督署調査については、実際にお金を払うことになる『未払残業代』が大きな問題です。３６協定等の書類提出がされてないことは、もちろん問題ではありますが、現実に多額の負担を強いられるという点では、未払残業代が大きいです（他には健康診断も資金負担がありますが、残業代のような多額にはなりません）

１．調査の遡及年度

税務調査・・・５年（悪質な場合は７年。繰越欠損金があった期間については１０年）

監督署調査・・２年のみ

もっとも、実際の現場では税務署も監督署も最大限、過去の分について遡及するわけではありません。現実には税務調査では３年程度。監督署調査でも定期的な調査（定期監督といいます）であれば半年から１年程度で終えるケースが大半です。監督署調査では従業員からの申出による調査の場合は、きっちり２年遡及することになりますが、そうでない定期的な調査では柔軟な対応が取られているようです。役所も鬼ではないですね。

２．調査日数

税務調査・・・２日～５日程度

監督署調査・・２時間～１日程度

もちろん、企業規模によって異なりますが、１００名規模の会社であっても監督署調査では２時間程度ということも珍しくはありません。税務調査は、規模の大小に拠らず、最低でも２日は覚悟する必要はありますが、監督署調査は短時間で済みます。これは逆にいえば、『短時間で違反をしているかどうかが分かってしまう』ということです。

３．調査のスタイル

税務調査では、下記の流れで進むことが一般的です。

①売上の漏れがないか確認
②在庫の漏れがないか確認（過大仕入の検証）
③人件費の確認（特に架空社員がいないか）
④一般経費の確認（私的な経費や、経費に出来ない支出がないか）
⑤源泉所得税や契約書への印紙税の納付漏れがないか
⑥優遇税制等の特例をつかっている場合には、その根拠資料

そして、上記の取引を１個１個調べていく作業になります。当然、時間もかかります。ところが監督署調査では、一人の社員のタイムカードと給与明細を見れば、残業代が払われているかどうかが直ぐに見破られます。早ければ５分で看破されます。そして言い逃れが全くできません。見解の相違と言う話は、監督署調査ではありません。

一人残業代が漏れていれば、給与計算方式は全社員ほとんど同じですから、あとは芋づる式に全体の未払残業代が推計できてしまいます。ここが、社員の多い会社では恐ろしい論点になります。

また、私見ではありますが、監督署調査は、未払残業代を監督署がもらうわけではありません。あくまで従業員に個別に支給することになります。そのせいか、比較的ドライに事務的に処理される傾向があります。監督署が得するわけではないからです。企業としては、残業代の認識をキチンとしておくことが必要です。早期の事前対策なしでは監督署調査は乗り切れません。